San Tomaso si trova a 580 metri di altitudine. Fino a cinquant'anni fa era ancora abitato in estate da alcune famiglie di contadini. In questo “polmone verde” trovate un corpo ad U composto dal ristoro OSA e dall'agriturismo, e un corpo ad L dove è situato il Museo della vita contadino. L'altro edificio che trovate è la chiesetta adibita a tutte le funzioni fino a circa il 1577, quando venne sconsacrata e venduta. All'interno della chiesetta oggi, si trova la pala d'altare raffigurante la Madonna con i santi Tomaso e Giovanni di Dio, restaurata e inaugurata nel mese di ottobre del 2000.

Negli anni settanta, in seguito al fortissimo inurbamento del paese, conseguenza di un altrettanto sensibile sviluppo urbanistico sia industriale che abitativo, l'amministrazione comunale di Valmadrera decise di tutelare questo "polmone verde" ponendo la località sotto vincolo, in modo da evitare tentativi di speculazione edilizia.
Nel 1978 la località di San Tomaso, di circa 58 ettari, è stata acquistata dalla Comunità Montana del Lario Orientale. Nel 2000 la Comunità Montana ha avviato alcuni lavori di restauro delle strutture presenti a San Tomaso.

Durante la primavera, la piana è frequentata da escursionisti, scout e studenti in gita scolastica.